凡例共 13 条

一、《本经》为“三坟”之书，后增入《名医别录》，有朱字、墨字之分，总言药之主治，从未有发其所以然者。兹《疏》直接神圣立言之旨，故总题之曰《神农本草经疏》。　　

一、药物治疗，《本经》、《别录》业已备悉。间有未尽者，参之以各名家主治，故小字附列於经文之下，或即于疏内叙述，俾采用易稽。

一、药类一千二百馀种，品类浩繁，今简治疗之必不可缺，暨近地所产，得於睹记者，备为具疏。馀非必用之药，及罕识难致者，存而不论。

一、种类随土异形，甚且称名未核。矧近来市肆，饰伪似真。若令误服，遗害非浅。故详辩种类，以正其讹。

一、畏忌制使，物性自然，非可以意求者，俱照本经，列之条下。至其制用之宜，古法倶在。兹复采入，俾得遵守。

一、《证类本草》所载诸方，倶录入 “【主治参与】”，有未当於用者，已为删去。其外诸书所录良方甚多，必详纪述，以便采取。

一 “简误” 以防误用之失，故有证同而药不宜同者，每条后详书其害。至於性淳功良，有益无损，一药只堪治一病者，悉不复著。

一、目录次序，悉从《证类本草》，有部分混杂，如木部之藿香，菜部之假苏，今为移正。

一、本文悉遵《证类》善本。但是书流传已久，字画谬讹颇多，兹逐条参订。有一二意义难通者，稍为厘正，如 “伤” 作 “疡”，“动” 作 “痛” 之类。

一、《证类本草》第三十卷，倶载有名未用之药。今有常用之物，而本经未载；有《拾遗》载之而未详者，兹列为三十卷 “补遗”。

一、本文顶行立款。其附入之条，有正文者仍从顶行；原系附入者，低字加圈，以别正文。

一、“续序例” 下卷，倶系病药忌宜。今总列应忌诸药於前，以见必不可轻用。

先生殚一生精力，发千古神圣之奥，以利万世。门人李季虬氏，几经参录，悉以付新安吴康虞氏刻之金陵，未竟而遗焉。流传於知交者，西吴朱氏集而刻之，不及其半，然且序次弗伦，考核未审也。先生以医为司命，一字有讹，遗祸无极。遂命澄先检其存稿若干卷，按部选类，汇得全帙；细复检阅，以为定本。 凡 “续序例” 二卷，药四百九十味，用识年月，书此凡例云。 时天启五年岁在乙丑六月十有一日松陵通家子顾澄先谨识。